Das Doppelkloster der Schönauer Benediktinerinnen und Benediktiner reicht in seinen Anfängen in das frühe Mittelalter zurück. Als die Konradiner (ein frühes mittelalterliches Königsgeschlecht) in der Zeit zwischen 940 und 947 Reliquien des Graubündner heiligen Florin nach Koblenz übertrugen, beschafften sich die Vorfahren der Grafen von Nassau ebenfalls Reliquien dieses Priesters und Glaubensboten des 7. Jahrhunderts aus dem Inntal für eine Kapelle in Lipporn (ca. drei km von Schönau entfernt). Dort entstand eine benediktinische Mönchsgemeinschaft.

Als im frühen XII. Jahrhundert im nahe gelegenen Schönau ein Frauenkloster gegründet wurde, vereinte man beide Konvente zu einem Doppelkloster, das zu beiden Seiten der heutigen Kirche lag.

Der erste Abt war Hildelin, möglicherweise ein Angehöriger des Hauses Nassau, dessen Grabplatte bis auf den heutigen Tag erhalten ist. Zum Namen Schönau nur so viel: Schönau war keine bis dahin bestehende Ortsbezeichnung, sondern eine Namensgebung, die auf die ersten Mönche zurückgeht. 1132 taucht die Bezeichnung erstmals auf.   

Seit dem späten Mittelalter hatte Schönau immer Probleme mit der nassauischen Gründerfamilie und blieb nach deren Übertritt zum protestantischen Bekenntnis als katholische Enklave erhalten. Für das eigentlich bedeutsamere Frauenkloster bedeutete dies jedoch das Ende, denn die Mönche ließen 1606 den Frauenkonvent zu ihren Gunsten aufheben.

Am 28. Dezember 1723 wütete eine Feuersbrunst, der die gesamte Anlage zum Opfer fiel. Allein der spätgotische Chorraum der Abteikirche, die Gewölbe und die Außenwände des Kirchenschiffes blieben unversehrt. Schon im folgenden Jahr begann Abt Engelbert Pflug mit dem Wiederaufbau, der im Wesentlichen gegen 1730-1732 abgeschlossen war.

Trotz vieler Widrigkeiten überdauerte die Abtei St. Florin im evangelischen Umland bis zur Säkularisation 1802. Der geistlich geprägte Ort blieb jedoch als Pfarrkirche eines weiten Sprengels für die damals wenigen Katholiken erhalten.